混合样品的气流通过固定相时，根据各组分对固定相的吸附强弱不同使不同成分得到分离。
利用气相色谱层析技术做为微生物诊断的工具已成功地用于微生物的分类和鉴定。该法敏感性强，能够分离和检测到毫微克的水平。它具有快速的特点，常在数十分钟甚至数小时就可以对传染病做出早期诊断。其结果稳定，重复性好，但不足之处是操作中各因素不易控制，方法不易标化等。
气相色谱仪的基本部件
1、载气
常用的载气主要有氮、氩、氢和二氧化碳等。这些气体一般都由高压气瓶供给。
2、进样器
气相色谱仪可以用于分离固相、气相和液相标本。液相标本采用微升注射器穿过橡皮隔片注入，气相标本采用特种气相注射器注入。
3、谱柱及加热炉
色谱柱一般由金属或玻璃制成，通常采用的柱长2m~4m，内径2mm,毛细管柱长度可达20m～150m，内径为0.2mm。
载体一般采用惰性、多孔的固体颗粒。多由硅藻土或玻璃珠制成，分析不同极性的微生物化合物，为了获得适的分离条件，要求有不同固定相的载体。目前比较常用的载体有：聚乙二醇（CarbOwax20M）、FFAP（聚乙二醇20M和2-硝基对苯二甲酸的反应产物），OV—17（苯基甲基硅酮）。OV-210、SE-30（甲基硅酮）、ChromosorbG（白色硅藻土载体）等。柱加热炉在温度控制上是非常重要的。
4、纪录仪
5、数据处理装置一般均附有数据处理计算机。
