气相色谱层析是一种分离分析的方法，因此它的特点是适合于多组分混合物的定性和定量分析。
1、定性
对于一已知范围的混合物，用此法定性很容易，但对于范围未知的混合物来说，则需要配合化学分析及其它仪器分析等。
利用保留值定性法：同一种物质在一根层析柱上保留时间相同。取样品各可能组分的纯物质加入样品中，混合进样，对此加入后的色谱图，若某色谱峰相对谱高，则该色谱峰的组分与纯物质可能为同一物质。
化学反应定性法：即把色谱柱的流出物，通过官能团试剂中，观察试剂的颜色是否发生变化或是否有沉淀，而判断该组分含什么官能团或属于何类化合物。
两谱联用定性法：即利用质谱仪、红外分光光度计等来进行测定，定性。
2、定量
在实验条件恒定时，峰面积或峰高与组分的含量成正比，因此可以利用峰面积或峰高面积或峰高来进行定量。对于微生物标本的气相色谱分析常根据以下几点来进行比较。
峰的有无和峰的大小。
按10个重复标本分析计算的平均t值（标准差）。
同标准化合物的相对保留时间进行对比，而对某化合物做出鉴定。
