高效毛细管电泳色谱仪（HPCE）是以毛细管为分离通道，以高压直流电场为驱动力，利用荷电粒子之间的淌度和分配系数的差异进行分离，具有三高二少的特点。
一、高灵敏度：
紫外检测器的检测下限可达10ˉ1～10ˉ15mol，激光诱导荧光检测器可达10ˉ19～10ˉ21mol。
二、高分辨率：
每米理论塔板数为几十万，高者可达几百万甚至千万，而HPLC一般为几千至几万。
三、高速度：
可在3min内分离30种阴离子，1.7min内分离19种阳离子，4min内分离10种蛋白质。
四、样品少：
只需纳升级（10ˉ9L）进样量。
五、成本少：
只需几毫升流动相和价格低廉的毛细管。
由于以上特点以及分离生物大分子的能力，使高效毛细管电泳仪成为近年来发展迅速的分离分析技术之一。
